Los prjectos grandes son complicados de manejar. Yo hace un tiempo estuve en uno y manejar gente, estar al tanto de todo lo que tiene que pasar, tener una visión global de lo que debería de pasar y un montón de otras cosas involucradas es complicado. Pero para eso, la PC nos provee herramientas de manejo de proyectos.

Muy conocido (y utilizado por mis jefes al menos) es Microsoft Project, sin embargo, existen alternativas libres pero igual o más poderosas.

TaskJuggler

Una de las mejores opciones que he visto hasta el momento. TaskJuggler es completamente libre, y está disponible en los repositorios oficiales de la mayoría de las distribuciones. Muy completo por lo que leí.

OpenProj

Vía LifeHacker conozco de OpenProj una alternativa que dice ser libre (pero que no especifica licencia) que funciona sobre Java. Ésto lo hace inmediatamente multiplataforma (para Windows, Linux o Mac) pero seguramente bastante pesadito para correr.

Por los comentarios que leí por ahí, es extremadamente completo. Además, se dice que están hablando de integrarlo con Open Office y dicen que se puede instalar en Ubuntu en sólo un par de segundos.

OpenWorkBench

Aplicación bajo la licencia libre Mozilla, OpenWorkBench parece ser también una alternativa a tener en cuenta aunque esté sólo disponible para Windows. El sitio oficial requiere registrarse para poder bajarlo, pero se puede obtener también sin problema alguno desde la página del proyecto en SourceForge.

KPlato

Como bien su nombre indica, KPlato es parte de la suite ofimática de KDE: KOffice.

Otros

Evidentemente esta lista dista de ser exhaustiva. Si quieren ver más todavía, Wikipedia les ofrece una lista de programas para manejo de proyectos.